Nach der politischen Wende 1989/90 werden die zwei Erweiterten Oberschulen der Stadt in Gymnasiem umgewandelt, und 1991 wird das Einstein-Gymnasium als erstes Gymnasium der Stadt neu gegründet. Die Schule nutzt zunächst Räume in der Gutenbergstraße, bevor sie 1994 in das Gebäude des früheren Realgymnasiums in die Hegelallee umzieht. Ab dann beherbegt das ehrwürdige Gebäude nach knapp 50 Jahren wieder ein Gymnasium. Aufgrund dieser architektonischen Klammer sieht sich das Einstein-Gymnasium trotz seiner Neugründung auch in der Tradition der Vorgängerschulen an diesem Standort.
Somit werden ehemalige Schüler des Realgymnasiums und der Einsteinschule, die dem Faschismus und Stalinismus zum Opfer gefallen sind, entsprechend im Schulgebäude geehrt.
Schnell etablierte sich das Einstein-Gymnasium in der Schullandschaft Potsdams und profilierte sich im Bereich der Naturwissenschaften und der Technik.
Der erste Schulleiter Herr Dr. Wertmann führte das Gymnasium bis zu seiner Pensionierung 2004. Nach Herrn Born-Frontsberg (2004-2009) übernahm Frau Krogmann-Weber die Leitung der Schule bis zu ihrem Ruhestand 2021.
Ab dem Jahr 2007 kann die Chronik im Archiv der Schulhomepage verfolgt werden.